Muzeum Przyrody w swej działalności nastawione jest przed wszystkim na promowanie przyrody regionu Warmii i Mazur. Wielką wagę przywiązujemy do działalności popularyzacyjnej i edukacyjnej, skierowanej nie tylko do dzieci i młodzieży, ale także osób dorosłych. Oprócz lekcji muzealnych prowadzone są wykłady dla studentów, szkolenia dla nauczycieli, czy też cieszące się dużą popularnością – wykłady przyrodnicze, skierowane do wszystkich zainteresowanych. Działalność tę ułatwia w miarę dobrze wyposażona w sprzęt audiowizualny pracownia edukacyjna. Ten kierunek działalności Muzeum Przyrody będzie dalej rozwijać, poszerzając ją, między innymi, o warsztaty przyrodnicze dla dzieci i młodzieży.